Okulumuz 2018-2019 eğitim-öğretim yılında Fırat Mahallesinde TOKİ tarafından inşa edilen binada eğitim vermek üzere Bakanlığımız Ortaöğretim Genel Müdürlüğüne bağlı olarak 14/06/2018 tarihli  11700758 sayılı oluru ile açılmıştır. Fırat mahallesinde devam etmekte olan TOKİ inşaat alanı henüz yerleşime açılmamış olduğundan,  okulumuza 2018-2019 eğitim öğretim yılında sadece 9. Sınıf seviyesinde öğrenci kaydı alınarak İlçemiz Zeynel Abidin Anadolu İmam Hatip Lisesi (Proje Okulu) binasında eğitim öğretime başlamıştır.

Okulumuzun ismi ilgili mevzuat doğrultusunda "Nusaybin Fırat Anadolu Lisesi" olarak Bakanlığımız tarafından verilmiştir.

Okulumuz 29 Ağustos 2019 tarihi itibariyle Toki 4. etapta inşa edilen Fırat Mahallesi Saray Sokak No: 67 adresindeki yeni binasına taşınmış ve 2019-2020 eğitim öğretim yılından itibaren kendi binasında eğitim öğretim faaliyetlerini yürütmektedir.